1893年11月29日，湖广总督张之洞向清朝光绪帝上奏《设立自强学堂片》。他认为“盖闻经国以自强为本”、“自强之道，以教育人才为先”，故取“自强”二字。这座新式高等专门学堂位于湖北武昌三佛阁大朝街口。

开办之初，设方言、算学、格致、商务四门，由此揭开了近代湖北高等教育的序幕。

（武汉大学建校史存在争议，有观点认为武大的建校史应从1913年武昌高师创办算起。）

国立武汉大学​1896年，矿务、化学学堂并入自强学堂，后者增加自然、工程教育。方言一门逐步扩大为英语、法语、德语、俄语、东文（日语）5种语言。

1902年10月，自强学堂迁往武昌东厂口，改名方言学堂。课程设有地理、历史、算术、公法、交涉等。

1911年辛亥革命前夕，方言学堂因教育经费紧张被迫暂停办学。此后湖北时局动荡，同年10月，武昌起义爆发，清朝迅速灭亡，方言学堂无法立即复校，武汉大学办学中断。

1913年，北洋政府教育部成立后，规划在全国设立六所高等师范学校，决定以原方言学堂的校舍、图书、师资为基础，改建国立武昌高等师范学校。

1922年，改四部为8系，即教育哲学系、国文系、英语系、数学系、理化系、历史社会学系、生物系、地质系。

1923年9月，国立武昌高等师范学校改名国立武昌师范大学。

1924年，国立武昌师范大学改名为国立武昌大学。

1926年，国立武昌大学与国立武昌商科大学、湖北省立医科大学、湖北省立法科大学、湖北省立文科大学、私立武昌中华大学等合并为国立武昌中山大学（又称国立第二中山大学），设有大学部和文、理、法、经、医、预6科、17个系、2个部。

1928年，南京国民政府以原国立武昌中山大学为基础，改建国立武汉大学，下设文、法、理、工4个学院。

1929年2月，法学家王世杰成为国立武汉大学首位正式校长。他认为国立武汉大学不能满足于拥有的4大学院，提出要把学校办成拥有文、法、理、工、农、医6大学院的万人大学。

1930年3月，国立武汉大学新校舍一期工程正式开工。1932年3月，学校由东厂口迁入珞珈山新校舍。

1932年，由武昌东厂口迁入珞珈山新校舍。

1934年，武汉大学首开中国女大学生游泳课先河，结束了封建社会禁止女大学生游泳的历史，轰动全国。同年，武汉大学体育由于成绩显著曾受到民国教育部表扬并通令全国大专院校，授予时任体育、卫生主任为教会大学、清华大学、南开大学、武汉大学等高校体育教学方案执行人。

1935年，学校开办研究生教育。

1936年，学校成立农学院，从而发展成为有文、法、理、工、农5个学院15个系2个研究所的综合大学。

1937年，国立武汉大学与国立中央大学（1949年更名南京大学）、国立清华大学、国立北京大学和国立浙江大学统一进行招生考试，从而跻身“民国五大名校”。同年7月7日，日军在北平西南的卢沟桥附近发动七七事变，揭开了日本全面侵华战争的序幕，此后上海、南京相继被日军占领，武汉成为中国的战时首都，国共两党大量政治军事人士云集珞珈山校园指挥对日抗战。

1938年，因武汉会战爆发，国立武汉大学被迫西迁四川乐山继续办学，农学院并入国立中央大学。

武汉沦陷后，日军将武大校园辟为其中原司令部。

1945年8月15日，日本宣布无条件投降。同年9月1日，国立武汉大学成立复校委员会。

1946年，武汉大学恢复农学院，设立医学院，并迁回武昌珞珈山，设有文、法、理、工、农、医6个学院21个系8个研究所。

1947年，学校设立医学院及其附属医院，形成了文、法、理、工、农、医6大学院21个系8个研究所。

1949年武汉解放时，国立武汉大学被中国共产党接管并更名为武汉大学，继续办学。

1958年，毛泽东同志在武汉大学考察1950年，湖南大学水利系划归武汉大学，与土木系水利组合并，成立水利系；武汉大学医学院从武汉大学分出，与上海同济大学医学院合并成中南同济医学院（今华中科技大学同济医学院）。

1952年，南昌大学、河南大学等校的水利系划归武汉大学，与武汉大学水利系合并成水利学院；武汉大学农学院从武汉大学分出，与湖北农学院合并成华中农学院（今华中农业大学）；哲学系并入北京大学，矿冶系调入中南矿冶学院（今中南大学）。

1953年，武汉大学工学院电机系电信部分，土木系建筑设计部分并入华南工学院（今华南理工大学），武汉大学土木系并入中南土木建筑学院（今湖南大学）；武汉大学机械系从武汉大学分出，参与组建华中工学院（今华中科技大学）；武汉大学外文系英文组并入中山大学。

1954年，水利学院从武汉大学分出，成立武汉水利学院（后更名为武汉水利电力大学）。

1956年，恢复哲学系。

1958年，恢复外文系。

1966年，文化大革命爆发后，武汉大学大批学者受到不同程度的迫害，当时的校长、知名教育家李达更是被迫害致死（导致武汉大学在此后14年间没有校长），武大办学实力再次受到沉重打击。同年，在鄂西北襄阳隆中建立襄阳分校。

1970年，在湖北荆州地区建立沙洋分校。

武汉大学的校园建筑1977年中国恢复高考制度后，武汉大学开始走出低谷。

1978年，从理科中分出三个新系，即计算机科学系、空间物理学系、病毒学及分子生物学系。

1980年5月，武汉大学与法国政府代表团在武汉签署《会谈纪要》，武汉大学成为当时与法国同行合作的唯一指定院校，由此拉开了武汉大学与法国相关部门、机构和组织在各领域多方位合作交流的序幕。

1981年7月，刘道玉担任武大校长，在校内推行一系列教学和管理体制改革措施，大力开展与世界著名大学合作交流，使武大迎来了文革后的第一个快速发展期。然而，由于其改革被认为过于激进（其部分改革措施和成效有不少争议），1988年4月，刘道玉被免职，此后武大再次进入长达数年的缓速发展期。

1983年，成立新闻系。

1984年，成为中国首批成立研究生院的院校之一成立经济与管理学院、图书情报学院。

1986年，经济与管理学院分为经济学院、管理学院，并成立法学院。

1988年，成立成人教育学院、建筑学系。

1990年，成立外国语言文学学院。

1992年，成立政治与行政学院、生命科学学院。

1993年，举行百年校庆盛典，同年10月举办了93’国际科学哲学与科学逻辑学研讨会。

1994年，空间物理学系与无线电信息工程学系合并，成立电子信息学学院。

1995年，武汉大学成立新闻学院；同年，成为首批进入中国“211工程”重点建设的大学之一。

1996年，成立旅游学院、律师进修学院、哲学学院。

1997年，成立文学院、计算机科学与技术学院、理学院、化学学院。

1998年，成立历史文化学院、留学生教育学院。

1999年，院系重组，由16个学院、3个直属系改组为9大学院，即人文科学学院、法学院、商学院、外国语言文学学院、大众传播与知识信息管理学院、数学与计算机科学学院、生命科学学院、物理与电子信息科学学院、化学与环境科学学院。

2000年8月2日，武汉大学与其周边的武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学合并组建新的武汉大学。

2001年2月13日，正式进入中国“985工程”重点建设院校名单。

2016年9月20日，由国家保密局、湖北省国家保密局、武汉大学共同打造的国家保密学院、国家保密教育培训基地武汉基地正式落户武大。 

2016年9月27日，武汉大学与深圳市人民政府签署合作办学备忘录，拟建立武汉大学深圳校区。 

2016年10月20日，雷军向母校捐款9999.9999万元建设科技楼。 

2017年1月，全球CEO母校排名，武汉大学排名第七

武汉大学120周年校庆标志

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2017年9月，成为首批一流网络安全学院建设示范项目高校。 

2017年9月，入选国家首批“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校名单。 

2017年11月，学校被评为第一届全国文明校园。